Green Green to dwunastoodcinkowe anime oparte na japońskiej komputerowej grze erotycznej o tym samym tytule, tak więc jest adresowane do widzów pełnoletnich. Pomimo, że Green Green oparte jest na grze erotycznej, nie jest uważane za hentai. Nie ma tu scen erotycznych, jednak humor często ma podtekst erotyczny i jest związany ze scenami, w których występuje nagość, więc należy do rodzaju ecchi.
Akcja Green Green rozgrywa się w wiejskich terenach Japonii, w odizolowanej szkole dla chłopców Kanenone Gauken. Kanenone rozpoczyna rozmowy związane z połączeniem szkoły z placówką tylko dla dziewczyn z nadzieją, że powstanie szkoła koedukacyjna. Zdecydowano się na przeprowadzenie testu, który ma na celu sprawdzić, jak dziewczyny i chłopcy będą sobie razem radzić. Dziewczyny przyjeżdżają na kilkutygodniową próbę.
Baka Trio, które składa się z Bacchiego-gu, grubego zboczeńca, Ichiban-Boshiego, samozwańczego kobieciarza i Tenjina, który też jest niesamowicie podniecony przyjazdem dziewczyn, cały czas zawraca głowę i wprowadza w kłopoty głównego bohatera - Yusukego Takasaki.
Kiedy autobus z dziewczynami przybywa na miejsce, jedna z nich, Midori Chitose, nagle jako pierwsza wyskakuje z autobusu, rzucając się na zakłopotanego sytuacją Yusukego. Kim jest Midori i skąd zna Yusukego? Serial, poza pokazywaniem błazeństw i wybryków trójki idiotów, skupia się na odpowiedzi na to pytanie.